Im Jahr 1623 lassen sich erstmals Franziskaner auf dem Frauenberg nieder. Nachdem Kirche und Kloster 1757 dem Feuer zum Opfer gefallen waren, wird 1763 die heutige Kirche auf dem Frauenberg konsekriert. 1875 wird das Kloster aufgrund des Kulturkampfes geschlossen, die meisten Brüder emigrieren in die USA, können aber 1887 wieder in die Heimat zurückkehren. 1940 werden die Franziskaner von den Nazis vertrieben, der Frauenberg bleibt ihnen bis zum Ende des 2. Weltkrieges verschlossen.

Durch seine gute Erreichbarkeit aus ganz Deutschland ist der Frauenberg in Fulda heute ein gerne genutztes Tagungskloster. Für Provinzkommissionen, Besprechungen, Feiern und Jubiläen wird der Frauenberg mit seinen großen Räumen und vielen Zimmern gerne genutzt. In den vergangenen Jahren fanden umfangreiche Sanierungs- und Umbaumaßnahmen statt. Die Kirche auf dem Frauenberg wird von vielen Betern und Gottesdienstbesuchern aufgesucht, Menschen kommen auch zur Beichte und zu seelsorglichen Gesprächen.

Die hier lebenden Brüder finden ihre Arbeit in der Seelsorge, in handwerklichen Berufen, als Krankenhausseelsorger, in der Exerzitienarbeit und Erwachsenenbildung und in der Begleitung der Franziskanischen Gemeinschaft. Ferner bietet der Frauenberg die Möglichkeit zum "Kloster auf Zeit". Auf dem Frauenberg befindet sich neben dem Provinzarchiv der Deutschen Franziskaner auch eine Kranken- und Altenstation.