Die erste Gründung einer franziskanischen Niederlassung in Werl erfolgte 1661 durch die Kapuziner. Im selben Jahr erfolgte auch die Übertragung des in der Wallfahrtskirche heute noch verehrten Gnadenbildes von Soest nach Werl. 1836 wurden die Kapuziner von Werl vertrieben. Dreizehn Jahre später (1849) gründeten die Franziskaner ein Kloster. Diese wurden wiederum 1857 ausgewiesen und konnten erst 1887 zurück kehren. Von 1904 bis 1906 wurden Kloster und Kirche in ihrer heutigen Gestalt neu gebaut. 1953 wurde die Wallfahrtskirche zur Basilika erhoben. Das Kloster Werl war von 1929 bis 1995 Sitz des Provinzialates der Saxonia. Am Kloster ist heute zudem das Museum "Forum der Völker" untergebracht. Es ist das Missions- und Völkerkundemuseum der Franziskaner.

Zu den Aufgabenbereichen der 16 Brüder zählen die Wallfahrtsseelsorge und die Beichtseelsorge. Werl ist auch Sitz des Kommissariats des Hl. Landes der Deutschen Franziskanerprovinz KdöR.